不同狀態的糞肥其發酵腐熟方法不同，像鮮豬糞、鮮雞糞等含水量較大的液態糞肥，菜農可用以下方法進行發酵腐熟：

　　1、菜農使用的發酵池不能過深，一般發酵池的深度以40~50厘米深為宜。

　　相信不少菜農都有這樣的經驗，就是當發酵池挖的過深時，發酵池上部的糞肥早已發酵完全，然而下層的糞肥卻與剛剛購買時差不多，這是因為液態糞肥含水量大，透氣性差，同時發酵池底部的溫度低，根本達不到發酵所需的溫度，這樣發酵池下層的糞肥就不能發酵腐熟，所以菜農挖的發酵池一定要淺，這樣可以保證糞肥上部的熱量能夠傳到發酵池的底部，保證發酵所需的溫度。

　　2、發酵池的上部要覆蓋薄膜。

　　如果菜農在露天發酵液態的糞肥，糞肥的溫度不能得到有效保持，提溫較慢，發酵時間會大大延長，同時還會造成糞肥中氮的流失，有的氮素損失可達60%以上，當覆蓋薄膜后就能迅速的提高糞肥的溫度，預防氮肥轉變為氣體流失。

　　3、像液態糞肥中加入適量的土及雜草或生物制劑。

　　可促進發酵，這是因為土壤中含有大量的微生物，能夠起到加速發酵的作用，同時土壤及雜草還能將氮肥利用，減少氮肥的損失，還可增加肥料中的有機質。

　　4、在發酵液體糞肥時，菜農還要注意間隔5~7天使用鐵鍬攪動1次糞肥。

　　這樣做的目的是增加糞肥中的氧氣，促進微生物的繁殖，從而達到快速發酵的目的；在攪動糞肥的同時，還可以將發酵池下層的糞肥攪到上層，將上層的糞肥攪到下層，從而起到更好的發酵效果。

　　像稻殼糞等干糞，菜農則可按照下述進行發酵：

　　當菜農購買稻殼糞等干糞后， 應向糞肥中加入足量的水，讓糞肥濕透 ，然后按照底寬1.5~2米，上部寬1.2~1.5米，高度1~1.2米建堆，堆的長度不限，然后在堆的頂部使用直徑為6~8厘米的木棒打孔，并且要深到堆底，間隔20~25厘米打一個通氣孔，在糞堆頂部打6~7行通氣孔，這主要是為了保證糞肥在發酵時有充足的氧氣供應，然后覆蓋舊薄膜，進行提溫發酵。

　　在糞肥發酵時，菜農要注意 使用溫度計插到糞表層20厘米以下的測溫，將糞堆的溫度維持60℃左右，維持1~2天時間即進行翻堆 。翻堆時將糞堆外層的糞肥翻到糞堆里邊，將里層的糞肥翻到外邊，同時還要注意上層的糞肥與下層的糞肥交換位置，然后再次建堆發酵，并注意為糞肥補充水份，這樣經過3~4次的翻堆之后，當糞肥無臭味時表明糞肥發酵腐熟完全，菜農可以放心使用。

　　在發酵時要注意，糞堆的溫度不能超過80℃，以防高溫將糞肥中的微生物殺死，嚴重時還會產生悶堆現象，導致發酵失敗。當糞肥發酵腐熟好時，即可放心使用。